Tassanomia

Materie:Appunti
Categoria:Biologia

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Testo

TASSONOMIA
Scienza della classificazione( nomenclatura ed identificazione, tradizionalmente basata su caratteri fenotipici.
FILOGENESI( chiarita per i procarioti solo recentemente mediante analisi del genotipo( cellule d’origine ancestrale (geni per il 16s ribosomiale presenti in tutti i microrganismi( posso stabilire l’origine da progenitori comuni).
I metodi fenotipici rimangono utili quando il fine и quello pratico di identificare un microrganismo e di classificarlo. Es. microbiologia clinica diagnostica.
TASSONOMIA CONVENZIONALE
Basata su: morfologia, reazione Gram, capsula, pigmenti, prodotti di fermentazione esigenze gassose, di pH e di temperatura, patogenicitа, caratteristiche immunologiche, sensibilitа agli antibiotici e habitat.
Per identificare un batterio posso valutare la composizione delle basi del DNA e concentrarmi sul contenuto di guanina e citosina, espresso come % molare sul totale.
Puт variare dal 20% al 75%.
% Gc и specifico per un dato microrganismo, ma non esclusivo per quella specie (es. B.Subtilius e Pasteurella spp ( Gc 42%). Il dato quindi и utile a scopo descrittivo, non esclusivo.
TASSONOMIA MOLECOLARE
Tecnica bi base( IBRIDAZIONE DNA-DNA
Ho diversi microrganismi, devo sapere se sono uguali o meno( se hanno numerose sequenze nucleotidiche uguali molti geni saranno uguali o simili( se io prendo il DNA, lo estraggo, lo riduco e separo le due eliche, poi tratto le eliche separatamente con un marcatore, avrт tutti i frammenti radioattivi. Poi faccio lo stesso con gli altri batteri, senza perт marcare il DNA.
Passo all’ibridizzazione( mescolo insieme il DNA dei vari microrganismi.
riaccorpo le eliche del primo batterio( sono perfettamente complementari
accorpo i frammenti del Dna del primo batterio con quelli del secondo, per verificare se ci sono parti complementari. Ottengo una buona percentuale d’ibridi.
Procedo allo stesso modo per tutti i vari Dna.
Nell’esperimento ci deve essere un eccesso di Dna non radioattivo, per evitare che quello radioattivo leghi con se stesso.
Si misura la radioattivitа. Sarа completa nel primo esperimento (100% maker positivo)
1 X 1( 100% (Se due batteri ibridano sopra al 70% sono della stessa specie.
1 X 2( 75%
1 X 3( 25% (Siamo sullo stesso genere (Bacillus)
1 X 4( 7% (Sono completamente diversi
RIBOTIPIZZAZIONE
Utilizza il metodo di Southern Blot per evidenziare il polimorfismo dei geni dell’RNAr presenti in tutti i batteri.
Rna di due batteri diversi, indicano agli enzimi di restrizione di operare dei tagli nell’acido ribonucleico in diversi punti( PROFILO di RESTRIZIONE. Se i batteri sono diversi, avremo un numero diverso di pezzi( profili diversi.
SPECIE BATTERICA
Un procariote la cui sequenza del 16sr RNA differisce di piщ del 3% da quella di tutti gli altri organismi (l’identitа della sequenza и ( 97%) deve essere considerato una nuova specie.
A supporto di questa proposta:
Microrganismi con sequenze identiche ( 97% di solito ibridano a meno del 70%. Ci sono delle eccezioni, ma il valore 97% associato ad analisi fenotipica и utilizzato per differenziare le specie fra i procarioti.
INDAGINE GENOMICA + OSSERVAZIONE FENOTIPICA
Una nuova specie и definita studiando e caratterizzando numerosi ceppi, poi viene segnalata a riviste specifiche.
CEPPO TIPO( particolare coltura da cui и stata descritta la specie. Ogni specie ha il ceppo tipo che и depositato presso le COLLEZIONI di COLTURE BATTERICHE (ATCC(laboratorio americano). Il ceppo tipo serve com’esempio permanente della specie.
CEPPO di REFERENZA( usato in studi di malattie infettive e per lavori di laboratorio. Servono per garantire sistemi di controllo, in modo da avere condizioni uguali in tutto il mondo.
BIOTIPI o BIOVARIETA’( organismi raggruppabili nella stessa specie, ma con piccole caratteristiche biochimiche o fisiologiche diverse.
Puт essere importante conoscere queste differenze per sapere se c’и relazione fra le fonti di contagio, permette anche di seguire la strada del patogeno. Se uso una tecnica grossolana non posso distinguere i vari biotipi( BIOTIPIZZAZIONE.
SIEROTIPO( hanno differenze di tipo ANTIGENICO. Sono importanti perchй alcune differenze biochimiche sono cosм piccole che non si riesce a distinguere le specie( devo studiarne le caratteristiche di superficie( SIEROTIPIZZAZIONE.
FAGOTIPI( differenze di sensibilitа a diversi batteriofagi compresi in un determinato schema( FAGOTIPIZZAZIONE.
RESISTOTIPI( differenza nella sensibilitа agli antibiotici.

Esempio



  



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